На 12-м году правления Эхнатона Нефертити перестают упоминать в письменных источниках. Некоторые считают, что она либо умерла от чумы, охватившей этот район, либо впала в немилость, либо даже была убита.
Вскоре после ее исчезновения из исторических записей выясняется, что Эхнатон взял себе соправителя, с которым он делил трон Египта. Это вызвало немало предположений относительно личности этого человека. Была ли это Нефертити?
Другая теория вводит идею существования двух соправителей. Одну звали Сменхкара, а другую Нефертити под именем Нефернеферуатен.
Некоторые теории утверждают, что Нефертити была еще жива, когда ее пасынок Тутанхамон взошел на трон. В то время его звали Тутанхатон. «Атон» в его имени присутствует из религиозных убеждений его семьи, в честь бога Атона. Согласно этой теории, Нефертити умирает примерно на третий год правления Тутанхамона, после чего он изменил свое имя на Тутанхамон.
Даже если Нефертити не управляла самостоятельно после смерти Эхнатона, ясно, что она обладала огромной властью над своими подданными. Она дергала за ниточки событий так долго, как только могла, пока таинственным образом не исчезла из истории.
