Происхождение Нефертити доподлинно неизвестно. Некоторые ученые предположили, что она была дочерью Эйе . Эйе был фараоном, который правил недолго после Тутанхамона.
Одна из главных проблем этой теории заключается в том, что ни Эйе , ни его жена Тии в существующих источниках прямо не называются отцом и матерью Нефертити.
С другой стороны, нет никаких доказательств, которые прямо противоречили бы этой гипотезе. Можно с уверенностью сказать, что вполне возможно, что Эйе был ее отцом, учитывая его огромное влияние и статус в течение ее ранней жизни.
Нефертити известна тем, что была женой Эхнатона. Высказывалась также гипотеза, что Нефертити была его родной сестрой.